Willkommen auf der Website der Arbeitsgruppe Diskrete Optimierung

Christopher Nehls, B.Sc.Inf.

wiss. Hilfskraft

Christian-Albrechts-Platz 4, R.911c (CAP4)
Telefon: +49 431 880-7459
chn@informatik.uni-kiel.de

Aufgaben/ Forschungsgebiet:
Im Rahmen eines Projektes an der Arbeitsgruppe habe ich mich im letzten Jahr mit dem Thema Genomanalyse beschäftigt. Speziell geht es um die Sequenzierung von Genomen anhand der Shotgun Methode. Bei dieser Methode wird ein langer DNA-Strang zunächst vervielfacht und dann durch Spaltung in sehr kurze Teilsequenzen zerlegt. Diese Teilsequenzen werden schließlich sequenziert und man erhält eine große Anzahl an sogenannten Reads. Um diese Reads zur ursprünglichen DNA-Sequenz zusammenzufügen ist ein sogenannter Assembler von Nöten. Während des Projektes habe ich mich mit einem solchen Assembler beschäftigt und diesen durch weitere Parameter ergänzt.

In meiner Masterarbeit widme ich mich nun weiteren Assemblern und werde diese Analysieren und miteinander vergleichen. Ziel ist es, einen eigenen einfachen Assembler zu entwickeln, den man später mit wenig Aufwand erweitern und verbessern kann.